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ISSR/简单重复序列间扩增

ISSR ( inter simple sequence repeat) 又称简单重复序列间扩增，是近年来发展起来的一类新型的分子标记技术。该技术根据植物基因组中丰富的简单重复序列设计单一引物,对基因组DNA进行扩增,利用了RAPD技术的优点和基因组中丰富的SSR序列信息,具有操作简单、可靠性强、重复性高、DNA模板用量少、不需预先设计引物的特点,可用来揭示样本间的遗传多样性。

1)PCR-ISSR实验路线

前期确认阶段：试验样本类型，数量，引物，签订试验合作合同;

试验费用：DNA提取30元一个样本，PCR+电泳检测15元一个反应，分析单独收费(视工作量而定);23个样本，10对引物包括引物筛选试验费用大约5000元。

试验阶段：DNA提取，PCR扩增，电泳检测

数据分析：和客户详细沟通，确认分析方案：读取01矩阵;聚类分析;多样性分析;多态位点数(AP) 、多态位点百分率( P) 、平均等位基因数(N a) 、有效等位基因数(N e) 、Nei′s基因多样性指数(H) 、Shannon′s信息指数( I) 、遗传分化度(Gst)等。利用NTSYS进行聚类分析。

2)客户提供：

★ 基因组DNA：

●浓度为50-100ng/μL;(每个位点用2-3LμL,请根据引物数计算总体积)

●2%琼脂糖电泳检测有DNA主带，没有降解;

●DNA经过DNA纯化试剂盒或磁珠纯化;

●DNA需溶解在TE或灭菌的去离子水里;

●DNA溶解后，肉眼看不到杂色;

★ 植物材料： 新鲜组织，叶片采用硅胶干燥后或干冰运输;

★ 动物材料： 新鲜组织，无水乙醇封存低温运输;